[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
بایگانی مقالات زیر چاپ::
::
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
پایگاه های نمایه شده




..
:: دوره 1، شماره 4 - ( 10-1404 ) ::
جلد 1 شماره 4 صفحات 12-1 برگشت به فهرست نسخه ها
برازش شبکه برهمکنش پروتئین های مؤثر بر باروری گاوشیری بر اساس داده‌های بیان ژن
سید همایون فرهنگ فر ، مهدی ضیاء* ، الهام بهدانی ، محمدباقر منتظرتربتی
چکیده:   (877 مشاهده)
مقدمه‌: صفات تولیدمثلی در صنعت دامپروری از اهمیت بالایی برخوردار است که این اهمیت به‌مرورزمان در حال افزایش است. این اهمیت به دلیل تأثیر مستقیمی است که این صفات بر سودآوری واحدهای دامپروری دارند و این مسئله روزبه‌روز موردتوجه بیش تری قرار می‌گیرند. نرخ باروری یکی از صفات مهم در حوزه دامداری است که به توانایی یک دام در تولید نسل و نسل جدید اشاره دارد. برای تولیدکنندگان دام، نرخ باروری اهمیت زیادی دارد، زیرا افزایش این نرخ باعث بهبود در میزان تولید و بهره‌وری واحد دامپروری می ­شود. در زمینه دانش بیوانفورماتیک، یافتن ژن‌ها در میان توالی‌های ژنومی از اهمیت به سزایی برخوردار است. ژن‌ها واحد اصلی و اساسی وراثت هستند و اطلاعات مربوط به ساختار و عملکرد سلول‌ها و ارگانیسم‌ها را در خود جای‌داده‌اند. این مطالعه باهدف بررسی شبکه برهمکنش پروتئین­های مؤثر بر باروری گاوشیری بر اساس داده‌های بیان ژن اجراشده است.
مواد و روش ­ها: برای بررسی سازوکارهای اثر ریز ریبونوکلئیک‌ اسیدها بر خصوصیت باروری، از طریق داده‌کاوی ناحیه ژن‌ها، به جستجوی ژن جدید و سازوکار احتمالی مرتبط با صفت مزبور در گاو پرداخته شد. ژن‌های مرتبط با باروری در گاو، از پایگاه اطلاعاتی NCBI جستجو شد، سپس توسط GEO2R و با استفاده از نرم‌افزار R نتایج، تجزیه‌وتحلیل گردید و پس ‌از آن، شبکه بین ژنی، توسط پایگاه اطلاعاتی String ایجاد گردید. هم چنین از پایگاه DAVID برای مطالعه بیولوژیکی ژن‌ها، استفاده شد و در پایان، ارتباط به‌دست‌آمده، توسط نرم‌افزار Cytoscape مجسم سازی شد.
نتایج‌: یافته‌های این تحقیق نشان داده‌اند که ژن‌های زیادی ازجمله CDK1، PPP2R3C، NDC80، ENY2، WDR12، MRPL27، LAPTM5، C1QB، MCM5 و TPX2 توسط مسیرهای بیولوژیکی مختلف در بافت آندومتریم اثر می‌گذارند. این اثرات می‌توانند به طرق مختلفی بر باروری حیوانات تأثیر بگذارند و از این طریق به بهبود عملکرد تولیدی آن‌ها کمک کنند و به‌عبارت‌دیگر، ژن‌های موردبررسی توانمندند که از طریق مسیرهای بیولوژیکی در بافت آندومتریم دیوار رحم تنظیم شوند و درنتیجه، بر اموری مانند باروری حیوانات تأثیرگذار باشند.
بحث و نتیجه ­گیری: این مطالعه ممکن است به دامداران این امکان را بدهد تا استراتژی‌های بهینه‌تری را برای بهبود باروری حیوانات اجرا کنند.
واژه‌های کلیدی: باروری گاوشیری، بیان ژن، پروتئین‌های مؤثر، ‌شبکه برهمکنش، شبکه ژنی
متن کامل [PDF 1328 kb]   (331 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: عمومى
دریافت: 1404/6/29 | پذیرش: 1404/6/29 | انتشار: 1404/9/11
فهرست منابع
1. 1. Kavosi Noder, H., 2017. A review of the efficiency of eCG to control reproduction in dairy cows. The second national conference of new researches in animal science
2. 2. Umesh, S., Arun, K. and Khanna, A., 2010. Non genetic factors affecting age at first calving and first lactation traits in Hariana cows. Indian Veterinary Journal. 87(1): 91-93.
3. 3. Deb, R., Kumar, S., Singh, U., Tyagi, S., Mandal, D. and Sengar, G., 2013. Evaluation of three bovine Y specific microsatellite loci as an alternative biomarker for semen quality traits in crossbred bull. Animal reproduction science. 142(3-4): 121-125. doi: 10.1016/j. anireprosci.2013.09.015
4. 4. Yang, W.C., Li, S.J., Tang, K.Q., Hua, G.H., Zhang, C.Y. and Yu, J.N., 2010. Polymorphisms in the 5′ upstream region of the FSH receptor gene, and their association with superovulation traits in Chinese Holstein cows. Animal reproduction science. 119(3-4): 172-177. doi: 10.1016/j.anireprosci.2010.02.004
5. 5. Salehzadeh, S., Tabatabaei, M., Derakhshandeh, A. and Karbalaei Heidary, H.R., 2020. Design of a fusion gene construct for production of recombinant laterosporulin bacteriocin and bioinformatic analysis for assessing the role of the amino-terminal SH2 domain. Journal of Animal Environment. 12(4): 603-610. doi: 10. 22034/AEJ.2020.131264 (In Persian)
6. 6. McCabe, M., Waters, S., Morris, D., Kenny, D., Lynn, D. and Creevey, C., 2012. RNA-seq analysis of differential gene expression in liver from lactating dairy cows divergent in negative energy balance. BMC genomics. 13(1): 1-11. doi: 10.1186/1471-2164-13-193
7. 7. Eftekharmanavi, S., Peyghan, R., Soltani, M., Ghorbanpor, M. and Ghalyanchi Langrodi, A., 2016. Multi-aspect molecular and stractural bioinformatic study of outer membrane protein (OmpTS) of Aeromonas hydrophila common cause of infectious septicemia in fish for immunization goals. Journal of Animal Environment. 8(1): 165-174. (In Persian)
8. 8. Bakir, G., 2004. Estimates of trends components of 305 days milk yield at Holsteincattle's. Journal of Biological Sciences. 4(4): 486-488. doi: 10.3923/jbs.2004.486.488
9. 9. Beerda, B. and Veerkamp, R., 2006. Functional genomics of female reproduction.
10. 10. Hashizume, K., Ushizawa, K., Patel, O.V., Kizaki, K., Imai, K. and Yamada, O., 2006. Gene expression and maintenance of pregnancy in bovine: roles of trophoblastic binucleate cell-specific molecules. Reproduction, Fertility and Development. 19(1): 79-90. doi: 10.1071/rd06118
11. 11. Dennis, G., Sherman, B.T., Hosack, D.A., Yang, J., Gao, W., Lane, H.C. and Lempicki, R.A., 2003. DAVID: database for annotation, visualization, and integrated discovery. Genome biology. 4(9): 1-11. doi: 10.1186/gb-2003-4-9-r60
12. 12. Mazdoori, Z. and Bakhtiarizade, M.R., 2015. Analysis of the promoter of genes effective in negative energy balance in dairy cows. Livestock products of Aburihan campus agricultural magazine. 18(1): 13-26. https://doi.org/10.22059/jap.2016.56072 (In Persian)
13. 13. Evans, T., Rosenthal, E.T., Youngblom, J., Distel, D. and Hunt, T., 1983. Cyclin: a protein specified by maternal mRNA in sea urchin eggs that is destroyed at each cleavage division. Cell. 33(2): 389-396. doi: 10. 1016/0092-8674(83)90420-8
14. 14. Knoblich, J.A., Sauer, K., Jones, L., Richardson, H., Saint, R. and Lehner, C.F., 1994. Cyclin E controls S phase progression and its down-regulation during Drosophila embryogenesis is required for the arrest of cell proliferation. Cell. 77(1): 107-120. doi: 10.1016/0092. 8674(94)90239-9
15. 15. Diril, M.K., Ratnacaram, C.K., Padmakumar, V., Du, T., Wasser, M. and Coppola, V., 2012. Cyclin dependent kinase 1 (Cdk1) is essential for cell division and suppression of DNA re-replication but not for liver regeneration. Proceedings of the National Academy of Sciences. 109(10): 3826-3231. doi: 10.1073/pnas.111520 1109
16. 16. Amani, J., Gorjizadeh, N., Younesi, S., Najafi, M., Ashrafi, A.M. and Irian, S., 2021. Cyclin-dependent kinase inhibitors (CDKIs) and the DNA damage response: The link between signaling pathways and cancer. DNA repair. 102: 103103. doi: 10.1016/j.dnarep.2021.103103
17. 17. Guran, T., Yesil, G., Turan, S., Atay, Z., Bozkurtlar, E. and Aghayev, A., 2019. PPP2R3C gene variants cause syndromic 46, XY gonadal dysgenesis and impaired spermatogenesis in humans. European Journal of Endocrinology. 180(5): 291-309. doi: 10.1530/EJE-19-0 067
18. 18. Nilsson, J., 2012. Looping in on Ndc80–how does a protein loop at the kinetochore control chromosome segregation? Bioessays. 34(12): 1070-1077. doi: 10.1002/ bies.201200096
19. 19. Tooley, J. and Stukenberg, P.T., 2011. The Ndc80 complex: integrating the kinetochore's many movements. Chromosome research. 19(3): 377-391. doi: 10.1007/s 10577-010-9180-5
20. 20. Amin, M.A., McKenney, R.J. and Varma, D., 2018. Antagonism between the dynein and Ndc80 complexes at kinetochores controls the stability of kinetochore microtubule attachments during mitosis. Journal of Biological Chemistry. 293(16): 5755-5765. doi: 10.1074/ jbc.RA117.001699
21. 21. Atanassov, B.S., Mohan, R.D., Lan, X., Kuang, X., Lu, Y. and Lin, K., 2016. ATXN7L3 and ENY2 coordinate activity of multiple H2B deubiquitinases important for cellular proliferation and tumor growth. Molecular cell. 62(4): 558-571. doi: 10.1016/j.molcel.2016.03.030
22. 22. Nal, B., Mohr, E., Da Silva, M.I., Tagett, R., Navarro, C. and Carroll, P., 2002. Wdr12, a mouse gene encoding a novel WD-Repeat Protein with a notchless-like amino terminal domain. Genomics. 79(1): 77-86. doi: 10.1006/ geno.2001.6682
23. 23. Ahn, C.S., Cho, H.K., Lee, D.H., Sim, H.J., Kim, S.G. and Pai, H.S., 2016. Functional characterization of the ribosome biogenesis factors PES, BOP1, and WDR12 (PeBoW), and mechanisms of defective cell growth and proliferation caused by PeBoW deficiency in Arabidopsis. Journal of experimental botany. 67(17): 5217-5232. doi: 10.1093/jxb/erw288
24. 24. Mi, L., Qi, Q., Ran, H., Chen, L., Li, D. and Xiao, D., 2021. Suppression of ribosome biogenesis by targeting WD repeat domain 12 (WDR12) inhibits glioma stem-like cell growth. Frontiers in oncology. 11: 751792. doi: 10. 3389/fonc.2021.751792
25. 25. Thomas, G., 2000. An encore for ribosome biogenesis in the control of cell proliferation. Nature cell biology. 2(5): E71-E72. doi: 10.1038/35010581
26. 26. Hölzel, M., Rohrmoser, M., Schlee, M., Grimm, T., Harasim, T. and Malamoussi, A., 2005. Mammalian WDR12 is a novel member of the Pes1-Bop1 complex and is required for ribosome biogenesis and cell proliferation. The Journal of cell biology. 170(3): 367-378. doi: 10.1083/jcb.200501141
27. 27. Gur, Y. and Breitbart, H., 2008. Protein synthesis in sperm: dialog between mitochondria and cytoplasm. Molecular and cellular endocrinology. 282(1-2): 45-55. doi: 10.1016/j.mce.2007.11.015
28. 28. Zhuang, L., Meng, Z. and Yang, Z., 2021. MRPL27 contributes to unfavorable overall survival and disease-free survival from cholangiocarcinoma patients. International Journal of Medical Sciences. 18(4): 936-943. doi: 10.7150/ijms.50782
29. 29. Chang, C.Y.Y., Lai, M.T., Chen, Y., Yang, C.W., Chang, H.W. and Lu, C.C., 2016. Up-regulation of ribosome biogenesis by MIR196A2 genetic variation promotes endometriosis development and progression. Oncotarget. 7(47): 76713-76725. doi: 10.18632/ oncotarget.11 536
30. 30. Glowacka, W.K., Alberts, P., Ouchida, R., Wang, J.Y. and Rotin, D., 2012. LAPTM5 protein is a positive regulator of proinflammatory signaling pathways in macrophages. Journal of Biological Chemistry. 287(33): 27691-27702. doi: 10.1074/jbc.M112.355917
31. 31. Adra, C.N., Zhu, S., Ko, J.L., Guillemot, J.C., Cuervo, A.M. and Kobayashi, H., 1996. LAPTM5: a novel lysosomal-associated multispanning membrane protein preferentially expressed in hematopoietic cells. Genomics. 35(2): 328-37. doi: 10.1006/geno.1996.0364
32. 32. Hu, S., Niu, Y., Wu, D., Hong, D., Wang, N. and Pan, J., 2014. Overexpression of lysosomal- associated protein transmembrane 5 (LAPTM5) deceases autophagy activity via reducing the lysosomal pH value. American Society of Hematology Washington, DC. 124(21). doi: 10.1182/ blood.V124.21.5200.5200
33. 33. Ribas, A. and Wolchok, J.D., 2018. Cancer immunotherapy using checkpoint blockade. Science. 359(6382): 1350-1355. doi: 10.1126/science.aar4060
34. 34. Jiang, J., Ding, Y., Wu, M., Lyu, X., Wang, H. and Chen, Y., 2020. Identification of TYROBP and C1QB as two novel key genes with prognostic value in gastric cancer by network analysis. Frontiers in oncology. 10: 1765. doi: 10.3389/fonc.2020.01765
35. 35. Yamada, Y., Arai, T., Kojima, S., Sugawara, S., Kato, M. and Okato, A., 2018. Regulation of antitumor miR‐144‐5p targets oncogenes: direct regulation of syndecan‐3 and its clinical significance. Cancer science. 109(9): 2919-2936. doi: 10.1111/cas.13722
36. 36. Lee, S.K., Kim, C.J., Kim, D.J. and Kang, J.H., 2015. Immune cells in the female reproductive tract. Immune network. 15(1): 16-26. doi: 10.4110/in.2015.15.1.16
37. 37. Sakumoto, R., Hayashi, K.G., Saito, S., Kanahara, H., Kizaki, K. and Iga, K., 2015. Comparison of the global gene expression profiles in the bovine endometrium between summer and autumn. Journal of Reproduction and Development. 61(4):297-303. doi: 10.1262/jrd.2015. 024
38. 38. Stockley, J., Akhand, R., Kennedy, A., Nyberg, C., Crosbie, E. and Edmondson, R., 2020. Detection of MCM5 as a novel non-invasive aid for the diagnosis of endometrial and ovarian tumours. BMC cancer. 20(1): 1000. doi: 10.1186/s12885-020-07468-y
39. 39. Zhang, B., Zhang, M., Li, Q., Yang, Y., Shang, Z. and Luo, J., 2021. TPX2 mediates prostate cancer epithelial mesenchymal transition through CDK1 regulated phosphorylation of ERK/GSK3β/SNAIL pathway. Biochemical and biophysical research communications. 546: 1-6. doi: 10.1016/j.bbrc.2021.01.106
40. 40. Chen, M., Zhang, H., Zhang, G., Zhong, A., Ma, Q. and Kai, J., 2018. Targeting TPX2 suppresses proliferation and promotes apoptosis via repression of the PI3k/AKT/P21 signaling pathway and activation of p53 pathway in breast cancer. Biochemical and Biophysical Research Communications. 507(1-4): 74-82. doi: 10. 1016/j.bbrc.2018.10.164
41. 41. Jiang, T., Sui, D., You, D., Yao, S., Zhang, L. and Wang, Y., 2018. RETRACTED ARTICLE: MiR-29a-5p inhibits proliferation and invasion and induces apoptosis in endometrial carcinoma via targeting TPX2. Cell Cycle. 17(10): 1268-1278. doi: 10.1080/15384101.2018.1475 829
42. 42. Chevalier, S. and Blow, J.J., 1996. Cell cycle control of replication initiation in eukaryotes. Current opinion in cell biology. 8(6): 815-821. doi: 10.1016/s0955-0674(96)80 082-2
43. 43. Burgers, P.M. and Kunkel, T.A., 2017. Eukaryotic DNA replication fork. Annual review of biochemistry. 86: 417-438. doi: 10.1146/annurev-biochem-061516-044709
44. 44. Weis, B.L., Kovacevic, J., Missbach, S. and Schleiff, E., 2015. Plant-specific features of ribosome biogenesis. Trends in Plant Science. 20(11): 729-740. doi: 10.1016/j. tplants.2015.07.003
45. 45. Oliver, E.R., Saunders, T.L., Tarlé, S.A. and Glaser, T., 2004. Ribosomal protein L24 defect in belly spot and tail (Bst), a mouse Minute. Development. 131(16): 3907-3920. doi: 10.1242/dev.01268
46. 46. Voutev, R., Killian, D.J., Ahn, J.H. and Hubbard, E.J.A., 2006. Alterations in ribosome biogenesis cause specific defects in C. elegans hermaphrodite gonadogenesis. Developmental biology. 298(1): 45-58. doi: 10.1016/j.ydbio.2006.06.011
47. 47. Freed, E.F., Bleichert, F., Dutca, L.M. and Baserga, S.J., 2010. When ribosomes go bad: diseases of ribosome biogenesis. Molecular BioSystems. 6(3): 481-493. doi: 10.1039/b919670f
48. 48. Zhang, N., Hartig, H., Dzhagalov, I., Draper, D. and He, Y.W., 2005. The role of apoptosis in the development and function of T lymphocytes. Cell research. 15(10): 749-769. doi: 10.1038/sj.cr.7290345
49. 49. Sena, L.A., Li, S., Jairaman, A., Prakriya, M., Ezponda, T. and Hildeman, D.A., 2013. Mitochondria are required for antigen-specific T cell activation through reactive oxygen species signaling. Immunity. 38(2): 225-236. doi: 10.1016/j.immuni.2012.10.020
50. 50. Waldmann, H., Graca, L., Cobbold, S., Adams, E., Tone, M. and Tone, Y., 2004. Regulatory T cells and organ transplantation. Seminars in immunology. Elsevier. Semin Immunol. 16(2): 119-126. doi: 10.1016/j.smim. 2003.12.007
51. 51. Sabatos, C.A., Doh, J., Chakravarti, S., Friedman, R.S., Pandurangi, P.G., Tooley, A.J. and Krummel, M.F., 2008. A synaptic basis for paracrine interleukin-2 signaling during homotypic T cell interaction. Immunity. 29(2): 238-248. doi: 10.1016/j.immuni.2008.05.017
52. 52. Gahmberg, C.G., Tolvanen, M. and Kotovuori, P., 1997. Leukocyte adhesion: Structure and function of human leukocyte β2‐integrins and their cellular ligands. European journal of biochemistry. 245(2): 215-232. doi: 10.1111/j.1432-1033.1997.00215.x
53. 53. Bulmer, J.N. and Lash, G.E., 2005. Human uterine natural killer cells: a reappraisal. Molecular immunology. 42(4): 511-521. doi: 10.1016/j.molimm.2004.07.035
54. 54. Trundley, A. and Moffett, A., 2004. Human uterine leukocytes and pregnancy. Tissue antigens. 63(1): 1-12. doi: 10.1111/j.1399-0039.2004.00170.x
55. 55. Schmahl, J., Eicher, E.M., Washburn, L.L. and Capel, B., 2000. Sry induces cell proliferation in the mouse gonadxs. Development. 127(1): 65-73. doi: 10.1242/dev. 127.1.65
56. 56. Frost, E.R., Taylor, G., Baker, M.A., Lovell-Badge, R. and Sutherland, J.M., 2021. Establishing and maintaining fertility: the importance of cell cycle arrest. Genes & Development. 35(9-10): 619-634. doi: 10.1101/ gad.348151.120
57. 57. Norris, K., Hopes, T. and Aspden, J.L., 2021. Ribosome heterogeneity and specialization in development. Wiley interdisciplinary reviews: RNA. 12(4): e1644. doi: 10.1002/wrna.1644
58. 58. Bansal, S.K., Gupta, N., Sankhwar, S.N. and Rajender, S., 2015. Differential genes expression between fertile and infertile spermatozoa revealed by transcriptome analysis. PloS one. 10(5): e0127007. doi: 10.1371/journal.pone.0127007
59. 59. Zsögön, A., Szakonyi, D., Shi, X. and Byrne, M.E., 2017. Ribosomal protein RPL27a 2014promotes female gametophyte development in a dose-dependent manner. Plant Physiology. 165(3): 1133-1143. doi: 10.1104/pp. 114.241778
60. 60. Ivanovs, A., Rybtsov, S., Ng, E.S., Stanley, E.G., Elefanty, A.G. and Medvinsky, A., 2017. Human haematopoietic stem cell development: from the embryo to the dish. Development. 144(13): 2323-2337. doi: 10. 1242/dev.134866
61. 61. Robb, L., Elefanty, A. and Begley, C., 1999. Transcriptional control of hematopoiesis. Ex Vivo Cell Therapy. 5-26.
62. 62. Yoshida, M., 2001. Multiple viral strategies of HTLV-1 for dysregulation of cell growth control. Annual review of immunology. 19(1): 475-496. doi: 10.1146/annurev. immunol.19.1.475
63. 63. Pan, X., Chen, Y. and Shu, H., 2019. Rich dynamics in a delayed HTLV-I infection model: Stability switch, multiple stable cycles, and torus. Journal of Mathematical Analysis and Applications. 479(2): 2214-2235. doi: 10. 1016/j.jmaa.2019.07.051
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Farhangfar S H, Zeya M, Behdani E, Montazertorbati M. Fit protein interaction network based on gene expression data for dairy cattle fertilit. Journalaer 2025; 1 (4) :1-12
URL: http://journalaer.com/article-1-42-fa.html

فرهنگ فر سید همایون، ضیاء مهدی، بهدانی الهام، منتظرتربتی محمدباقر. برازش شبکه برهمکنش پروتئین های مؤثر بر باروری گاوشیری بر اساس داده‌های بیان ژن. پژوهش های محیط زیست جانوری. 1404; 1 (4) :1-12

URL: http://journalaer.com/article-1-42-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 1، شماره 4 - ( 10-1404 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهش های محیط زیست جانوری Journal of Animal Environmental Research
Persian site map - English site map - Created in 0.23 seconds with 39 queries by YEKTAWEB 4774